Основные разделы экологии - общая экология и частная экология.
Общая экология изучает основные принципы организации и функционирования различных надорганизменных систем.
Частная экология ограничена изучением конкретных групп определённого таксономического ранга.
Общая экология классифицируется по уровням организации надорганизменных систем:
Частная экология состоит из разделов:
Экология водных организмов и образуемых ими систем изучает гидробиология.
Применяется и деление экологии на аутоэкологию, исследующую взаимоотношения отдельных видов со средой (главным образом с абиотическими факторами), и синэкологию, изучающую сообщества и биогеоценозы; это деление предложено швейцарским ботаником К. Шрётером. Популяционная экология связывает оба эти раздела.
Многие отрасли экологии имеют ярко выраженную практическую направленность. Например, сельскохозяйственная экология, предмет которой — создаваемые человеком сельскохозяйственные экосистемы.
Влияние природной среды на человеческое общество, особенности урбанизированных биогеоценозов изучает возникшая в середине 20 в. экология человека.
Возросшая опасность радиоактивного загрязнения окружающей среды привела к возникновению радиоэкологии.
Учение о биосфере, ещё не получившее отдельного названия, разрабатывается в особенно тесном контакте с биогеохимией.
Отношения организмов к абиотической и биотической среде в прошлые геологической эпохи, проблемы реконструкции древних ценозов по ископаемым остаткам составляют предмет палеоэкологии.